《機動戰士鋼彈：復仇的鎮魂曲》本劇接續《鋼彈》系列前作的各種衝突和愛情主題，也透過描繪操作類人類武器「機動戰士」(Mobile Suits) 的飛行員之間的矛盾，探討各種人性互動。
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《復仇的鎮魂曲》故事背景設定在一年戰爭的歐洲前線，第一部《鋼彈》系列動畫《機動戰士鋼彈》也曾描繪這場戰爭。
宇宙世紀 (Universal Century) 0079 年，吉翁公國 (Principality of Zeon) 宣布獨立，與地球聯邦政府 (Earth Federation) 開戰。戰爭初期，吉翁軍靠著新型先進武器「機動戰士」取得了上風，卻遲遲未能完全控制地球，導致戰況陷入僵局。
戰火延續了十一個月，地球聯邦軍拿下吉翁軍控制的東歐基地。吉翁軍隨即派出聯合軍隊前往收復失土，其中索拉利 (Sorari) 和機動戰士小隊「紅狼」(Red Wolves) 也從天而降，準備大展身手。
