電影【鬼太郎誕生：咯咯咯之謎】以「水木茂想描繪的事物」為前提進行創作，但由於昭和時代與現今的令和時代存在著差異性，因此劇組在思考過後，想像：「若水木茂生活在令和時代，他會想要描繪的事物」作為創作主軸。古賀豪導演進一步表示：「在水木茂老師的作品當中，雖然描繪各式各樣的妖怪，但我認為他實際上描繪的並非是妖怪，而是人性。我覺得其吸引之處就在於，它描繪了人類的仇恨、愛情、業力，同時也呈現出人類應有的樣貌，又或是判斷善惡的準則。」因此，製作團隊打算推出一部更成熟、更成人向的【鬼太郎】，
擁有「妖怪博士」之稱，創作出日本人氣動漫【鬼太郎】的已故漫畫家「水木茂」，迎來誕生100週年。製作方為了紀念這個特別的日子，推出全新電影【鬼太郎誕生：咯咯咯之謎】，由曾執導【劇場版鬼太郎：日本爆裂！！】的古賀豪再次擔任導演，並以【鬼太郎】第六季動畫為基礎，描述鬼太郎的父親「眼珠老爹」，為了找尋失蹤的妻子，與在血液銀行工作的水木，兩人在哭倉村相遇，也讓兩人的命運就此產生轉變。透過全新故事與畫風，為觀眾首度揭開鬼太郎誕生之前，眼珠老爹的神祕過去。
劇組認為昭和時代是日本電影的黃金時期，是日本電影受到世界關注的重要時間點，因此決定以「昭和」作為電影背景，並注入江戶川亂步、橫溝正史、夢野久作等推理與幻想文學的氣氛，建構出片中頹廢又可怕的世界。古賀豪導演對此分享：「在電影中，我們嘗試重現那時古老而美好的日本電影風格，而要透過動畫實現這點，是一項相當大膽的挑戰，但我認為結果滿有趣的。」
此外，本片也以「水木茂想描繪的事物」為前提進行創作，但由於昭和時代與現今的令和時代存在著差異性，因此劇組在思考過後，想像：「若水木茂生活在令和時代，他會想要描繪的事物」作為創作主軸。古賀豪導演進一步表示：「在水木茂老師的作品當中，雖然描繪各式各樣的妖怪，但我認為他實際上描繪的並非是妖怪，而是人性。我覺得其吸引之處就在於，它描繪了人類的仇恨、愛情、業力，同時也呈現出人類應有的樣貌，又或是判斷善惡的準則。」因此，製作團隊打算推出一部更成熟、更成人向的【鬼太郎】，將人性的行為、醜陋與愚蠢展露而出，並傳遞「即使在這個殘酷到我們無能為力的世界中，仍然需要勇敢地對抗並活下去」。
昭和31年（西元1956年），暗中掌控日本政商界的龍賀一族支配著哭倉村。在血液銀行工作的水木（木內秀信配音），為龍賀一族的當家「時貞」（白鳥哲配音）的死去進行弔唁。此時，鬼太郎的父親（關俊彥配音）為了尋找失蹤的妻子，也來到了這個村子。就在龍賀一族為了繼承時貞的遺產而展開醜陋鬥爭時，一名家庭成員卻在村莊的神社裡慘遭殺害。緊接著，一連串恐怖離奇的連鎖事件也相繼展開。在壓倒性的絕望當中，鬼太郎的父親與水木的命運也即將產生轉變…。
